Hoe een dipeptide te tekenen op een specifieke ph

Deze gids zal een inleiding geven tot definities, elementaire aminozuren en een voorbeeld van het tekenen van een dipeptide. Een dipeptide bestaat uit twee aminozuurresiduen terwijl polypeptiden uit meer dan twee bestaan. Deze structuren zijn belangrijk omdat ze helpen om eiwitten in het lichaam te verzinnen en ook rollen in reactiemechanismen te hebben. Door de backbone en functionele groepen te tekenen, worden gedetailleerde stappen gegeven om te leren hoe deze groepen te wijzigen op basis van een specifieke pH, een schaal om de zuurgraad of de basiteit van een oplossing te meten. Door te weten hoe de structuur er onder bepaalde omstandigheden uit zal zien, zal dit studenten een beter begrip geven van hoe ze in reacties worden gebruikt. Thisschien helpen ook bij het tekenen van peptiden die uit meer dan twee aminozuren bestaan.

Stappen

Deel 1 van 3:
Leerdefinities en de basisstructuren.
  1. Titel afbeelding Screen Shot 2021 02 20 op 6.58.54 PM.jpg
1. Ken de basisdefinities. Een dipeptide is een organische verbinding bestaande uit twee aminozuren. Het heeft twee componenten, een backbone en bevestigde functionele groepen.
  • 2. Leer de 20 standaard aminozuren. De 20 aminozuren zijn te vinden via een internetzoekopdracht. Leer hun structuren, hun drieletterige afkortingen en hun functionele groepen die later zullen worden gebruikt om de "R" In de basisstructuur.
    • Deel 2 van 3:
    Het basisdipeptide tekenen
    1. Teken een enkel aminozuur. Elke amino begint met een amine-einde (NH3 +) en een carbonyl-uiteinde (COO-). Beginnend met het einde van het amine, schrijf "NH3+" En vanaf daar, teken een lijn rechts naar rechts en creëert een punt C1 om koolstof 1 te vertegenwoordigen. Teken dan van C1 een lijn naar beneden en naar rechts om een ​​ander punt te maken, C2. Ten slotte, van C2, trek een lijn naar rechts en aan het einde van de lijn schrijven "O-". Trek op C1 een lijn recht omhoog en schrijf "R" om een ​​functionele groep te vertegenwoordigen die later zal worden vervangen. Teken bij C2 twee regels recht naar beneden en schrijf "O". Hiermee is een tekening van een enkel aminozuur voltooid.
    Titel afbeelding Screen Shot 2021 02 20 bij 7.32.44 p.jpg
  • Titel afbeelding Screen Shot 2021 02 20 op 7.38.22 PM.jpg
    Titel afbeelding Screen Shot 2021 02 20 op 7.38.22 PM.jpg
    2. Sluit twee aminozuren aan. Om een ​​dipeptide te creëren, moeten de enkele aminozuren verbonden zijn. Start de tekening opnieuw zoals vermeld in de vorige stap, maar trek op C2 de lijn naar rechts en schrijf "Nh" Aan het einde in plaats van "O". Teken vanaf daar een lijn naar beneden en naar rechts om een ​​punt te creëren genaamd C3. Bij C3 wordt een lijn opgesteld naar rechts om een ​​punt te creëren genaamd C4. Ten slotte wordt een lijn naar rechts getrokken en aan het einde van de lijn schrijven "O-". Teken bij C3 een lijn recht naar beneden en schrijf "R" , die later zal worden vervangen door een functionele groep. Teken bij C4 twee regels recht omhoog en schrijf "O" op het eind. Dit voltooit een tekening van een basisdipeptide.
    • Deel 3 van 3:
    De functionele groepen toevoegen
    1. Titel afbeelding Screen Shot 2021 02 20 om 8.11.40 PM.jpg
    1. Kijk naar de afkorting van drie letters en kies het juiste aminozuur. De Dipeptide Tyr-Lys wordt bijvoorbeeld als voorbeeld gebruikt. De juiste aminozuren worden hieronder getekend.
  • Titel afbeelding Screen Shot 2021 02 20 om 8.37.44 PM.jpg
    Titel afbeelding Screen Shot 2021 02 20 om 8.37.44 PM.jpg
    2. Vervangen "R" met de aminozuurfunctionele groepen. Bij C1 zal de functionele groep TYR worden aangetrokken om te vervangen "R". Bij C3 wordt de functionele groep Lys getekend om te vervangen "R".
  • 3. Weet hoe ph aldus eindigt en functionele groepen. Op basis van de pH is een dipeptide bij, en de relatieve PKeen Waarden bepaalt dit als het amine-einde, carbonylseind ​​en specifieke functionele groepen worden geprotoneerd (H toegevoegd) of deprotoneerde (H weggenomen).

    • Als pH< pkeen, Dan is het geprotoneerd. Als pH>pkeen, Dan is het gedeprotoneerd. Een tafel van het aminozuur PKeen waarden worden weergegeven, maar de focus staat op de PKeen van de zijketens aangegeven in rood.

    Titel afbeelding Screen Shot 2021 02 26 op 9.47.42 PM.jpg
    Titel afbeelding Screen Shot 2021 02 26 op 9.47.42 PM.jpg
    1. Titel afbeelding Screen Shot 2021 02 20 om 8.43.50 PM.jpg
      Titel afbeelding Screen Shot 2021 02 20 om 8.43.50 PM.jpg
      1. Verander uiteinden op basis van specifieke pH. De pH in dit voorbeeld zal pH 7 zijn. Voor het amine-einde, de PKeen zal altijd 9 zijn. Sinds pHeen, Het amine-uiteinde wordt geprotoneerd en blijft NH3 + (indien deprotoneerde, het is NH2). Voor het carbonyluiteinde, de PKeen zal altijd 3 zijn. Sinds pH>pkeen, Het carbonyl-uiteinde wordt gedeprotoneerd en het blijft o- (indien geprotoneerd, zal het oh zijn).
    2. 2. Verander functionele groepen op basis van specifieke pH. Alleen zure en eenvoudige zijketens zullen worden gewijzigd, evenals de polaire aminozuren Cysteïne en Tyrosine. Raadpleeg de tabel in deel 3, stap 3.

    PKA van Tyr = 10.07, de pHeen Dus het zal protoneerd en blijven oh (als het deprotoneerde het zal zijn).PKA van Lys = 10.79, de pHeen, Het wordt geprotoneerd, dus het zal NH3 + zijn (indien deprotoneerde het NH2 is).

    Ten slotte hebt u een tekening van een dipeptide bij een specifieke pH voltooid.

    Titel afbeelding Screen Shot 2021 02 26 AT 9.15.10 PM.jpg
    Titel afbeelding Screen Shot 2021 02 26 AT 9.15.10 PM.jpg

    Tips

    Deel in het sociale netwerk:
    Vergelijkbaar