Hoe de gc-inhoud van een dna-sequentie te bepalen

Het Guanine-cytosinegehalte, of GC-inhoud, van een DNA-sequentie duidt op het percentage nucleotide basenparen waar Guanine wordt gebonden aan cytosine. DNA met een hoger GC-inhoud zal moeilijker zijn om uit elkaar te breken.

Stappen

Methode 1 van 2:
Met de hand
  1. Titel afbeelding 7114843 1
1. Traceer door de reeks en tally het aantal cytosine (C) of Guanine (G) nucleotiden.
  • Titel afbeelding 7114843 2
    2. Verdeel het aantal cytosine- en guanine-nucleotiden door het totale aantal basisparen in de reeks.
    • Methode 2 van 2:
    Programmatisch (Python 2)
    1. Titel afbeelding 7114843 3
    1. Maak of accepteer een invoerbestand. Dit artikel gaat ervan uit dat de invoer in is Fasta formaat, met een enkele reeks per bestand.
  • Titel afbeelding 7114843 4
    2. Lees in het bestand. Voor FASTA-formaat:
  • Gooi de eerste regel van het bestand weg.
  • Verwijder alle resterende newlines en andere trailing whitespace.
    • DEF INIT (SEQUENCE): met Open (Argv [1]) als invoer: Sequence = "".Word lid ([Lijn.Strip () voor regel in invoer.Readlines () [1:]]) Retoursequentie
  • Titel afbeelding 7114843 5
    3. Een teller maken. Itereer door de gegevens en verhoog uw teller terwijl u guanine- of cytosine-nucleotiden tegenkomt.
    • 4
    def Gccontent (volgorde): gccount = 0 voor brief in volgorde: indien letter == "G" of letter == "C": GCCount + = 1Return Gccount
  • Titel afbeelding 7114843 6
    5. Verdeel de GC-telling door de totale lengte van de sequentie en voer het resultaat in percentageformaat uit.
    • 6
    def Hoofd (): Script, Input = Argvvequate = ""Volgorde = init (sequentie) afdrukken "Bewerker.2f" % (float (gccontent (sequentie)) / len (sequentie))

    Tips

    Als u de GC-inhoud met de hand berekent, moet u controleren controleren! Het kan gemakkelijk zijn om te misleiden, vooral als u een lange sequentie op papier analyseert.
    Deel in het sociale netwerk:
    Vergelijkbaar