Hoe de omgekeerde complement van een dna-sequentie te vinden

De omgekeerde aanvulling van een DNA-sequentie betekent de inhoud van de tegenovergestelde streng in een DNA-molecuul. DNA-moleculen worden als zodanig geconstrueerd omdat elk nucleotide een aanvullend nucleotide heeft op de andere streng waartoe een niet-covalente binding bestaat.

Stappen

Methode 1 van 2:
Met de hand
  1. Titel afbeelding 7115146 1
1. Traceer door de reeks achteruit, vanaf het laatste nucleotide in de reeks.
  • Titel afbeelding 7115146 2
    2. Terwijl je over elk nucleotide passeert, voegt u de complementaire nucleotide toe aan de volgende regel, begin de aangevulde tekenreeks aan de linkerkant van de pagina. Onthoud, Guanine (G) Obligaties aan Cytosine (C) en Adenine (A) Obligaties aan Thymine (t).
    • Methode 2 van 2:
    Programmatisch (Python 2)
    1. Titel afbeelding 7115146 3
    1. Maak of accepteer een invoerbestand. Dit artikel gaat ervan uit dat de invoer in is Fasta formaat, met een enkele reeks per bestand. De volgende stappen nemen ook aan dat alle nucleotiden ATGC-bases zijn.
  • Titel afbeelding 7115146 4
    2. Lees in het bestand. Voor FASTA-formaat:
  • Gooi de eerste regel van het bestand weg.
  • Verwijder alle resterende newlines en andere trailing whitespace.
    • DEF INIT (SEQUENCE): met Open (Argv [1]) als invoer: Sequence = "".Word lid ([Lijn.Strip () voor regel in invoer.Readlines () [1:]]) Retoursequentie
  • Titel afbeelding 7115146 5
    3. Maak een hash-tabel die elk nucleotide in kaart brengt aan zijn aanvulling.
    Complement = {`A`: `t`, `C`: `G`, `G`: `C`, `t`: `A`}
  • Titel afbeelding 7115146 6
    4. Itereer door de reeks en gebruik een hash-tabel opzoeken om de complementaire sequentie te construeren. Omkeren de resulterende vector.
    Def reverse_complement (SEQ): bases = [aanvulling [basis] voor basis in SEQ] Bases = omgekeerd (bases) Return-bases
  • Titel afbeelding 7115146 7
    5. Druk de inhoud van de vector af.=
    Resultaat = reverse_complement (SEQ) Print ``.Word lid (resultaat)

    • Tips

    Als u het omgekeerde complement met de hand berekent, moet u controleren controleren! Het kan eenvoudig zijn om een ​​basispaar te missen of de verkeerde aanvulling te gebruiken, vooral als u een lange reeks op papier leest.
    Deel in het sociale netwerk:
    Vergelijkbaar